Emmanuel BOTTIUS

En résumé

Entreprises

• Genodyssee SA, Industrie Pharmaceutique - Directeur scientifique et technique

  2004 - maintenant Consulting scienfitique, Gestion de projets, Génomique appliquée à la clinique.

• Genodyssee SA - Directeur scientifique et technique

  2000 - 2004 Directeur Scientifique et Technique.
  Directeur de Recherche et du département de la Découverte à haut débit.
  Management : 25 personnes (dont 5 docteurs, 1 ingénieur, 19 techniciens supérieurs).
  BUTS ET RESPONSABILITES : Découverte de nouvelles cibles thérapeutiques.
  Directon scientifique, technicologique des départements de Découverte de SNP's à haut débit, de Génotypage des polymorphismes à haut débit, de Protéomique et de Bio-informatique.
  Gestion, validation scientifique, mise en place et suivi des projets pour l'analyse de la variabilité génétique des gènes de susceptibilité aux maladies complexes, les gènes des cytokines et de leurs récepteurs afin d'étudier leur rôle dans le développement et le fonctionnement de l'immunité et du système nerveux, dans l'Arthérosclérose, dans les maladies Cardovasculaires et dans l'Embryogénèse.
  Liaison, circulation et exploitation des données entre départements.
  Administration générale et gestion du personnel.
  Identification et évaluation de nouvelles technologies ou potentielles collaborations.
  Organisation de la veille scientifique et technologique.
  Développement et application du Contrôle Qualité.
  REALISATION : Un regroupement cohérent de techniques génomiques
  La première plateforme européenne de D-HPLC à haut débit avec une automatisation complète des processus avec 97% d'efficacité dans la détection de SNP's,faisant de la D-HPLC la meilleure méthodologie inernationale permettant d'obtenir un diagnostic rapide et à faible coût avec des échantillons humains et animaux, associée à une plateforme de Génotypage de SNP's à 30000 échantillons/j (basé sur le miniséquençage fluorescent associé à une détection sur système électrophorétique).
  Pour étudier l'action des variations génomiques sur la fonction du protéome, mise en place d'une plateforme Protéomique automatisée avec 3 activités majeures : Biologie moléculaire (expression de protéines/purification), Biochimie des protéines et criblage fonctionnel et Biologie cellulaire, supportée par de solides procédures de Contrôle Qualité pour fiabiliser les résultats.
  Les trois, soutenues par un département d'informatique et de Bio-informatique compétent et fonctionnel, capable de cribler les banques de données afin d'analyser les séquences des gènes et modéliser les différents impacts des variations génomiques.
  RESULTATS :
  Partenaire privilégié en recherche et développement pour le constructeur Transgenomic Inc. (Santa Clara, CA, US) et première représentation mondiale quant à l'utilisation de la D-HPLC pour le programme de Variabilité du génome.
  CONSTITUTION :
  D'une base de données sur plus de 400 gènes des cytokines et facteurs de croissance.
  D'un portefeuille de plus de 80 lead candidats identifiés dont 53 variants des cytokines et facteurs de croissance, 32 protéines thérapeutiques varianttes candidates cibles des médicaments ou/et diagnostic.
  De la production et l'évaluation fonctionnelle de plus de 180 protéines mutantes des cytokines.
  R&D et transfert de procédés de production industrielle (du cDNA à la protéine purifiée) pour essais cliniques.
  TRAVAUX incorporés dans plus de 70 brevets aux Etats-Unis, en Europe et au Japon.

• S&P - Co-fondateur

  1999 - 1999 Co-fondateur de la Société Sciences et Polymorphismes (S&P).
  Génopole Evry (France) avec le projet d'utiliser les avancées génomique et post-génomique pour découvrir de nouvelles cibles thérapeutiques.

• CNG - Chercheur

  1998 - 2000 Chercheur - Programme de la Variabilité du Génome.
  Centre National de Génotypage (CNG) Evry (France) dirigé par le Dr. Marck Lathrop. Département d'analyse et séquençage dirigé par le Dr J-L. Escary.
  
  Mission : Particper à l'étude de la variabilité génétique, rechercher et mettre en oeuvre des technologies génomiques pour l'identification de gènes morbides impiqués dans les maladies héréditaires avec un objectif de développement et l'application du génotypage haut débit.
  Réalisation : Utilisation et adaptation de la D-HPLC et du séquençage partiel our la caractérisation random de SNPs et autres mutations.
  Résultats : Constitution de la première carte de haute densité d'un chromosome humain complet, le chromosome 14, basée sur les "Single nucleotide polymorphisms (SNP)" en collaboration avec la Génoscope d'Evry. Cette carte est constituée de 1000 marqueurs uniques découverts par D-HPLC et Biolnformatique parmi lesquels 244 sont cartographiés dans 114 gènes différents et peuvent être utilisés pour des analyses pharmacogénomiques sur chromosomes entiers dans la plupart des groupes ethnques humains.
  Ces outils et ce savoir-faire, développés au CNG, sont actuellement appliqués dans des programmes internes sur les facteurs génétiques impliqués dans les maladies héréditaires et sont également mis à la disposition d'équipes scientifiques externes pour réaliser des programmes scientifiques en collaboration.
  
  Management : 4 techniciens supérieurs.

• New York Medical Center - Chercheur

  1997 - 1997 Sous la direction du Professeur Nussenzweig.
  Mission : Collaboration scientifique et transfert technologique entre l'Institut Pasteur et le New York Medical Center.
  Réalisation : Collaboration sur la caractérisation moléculaire et biologique d'antigènes spécifiques des stades pré-érythrocytaires de Plasmodium falciparum.

• INSTITUT PASTEUR & GENODYSSEE - Chercheur - Publications

  1994 - 2006 PUBLICATIONS
  - Novel interferon alpha variant with improved inhibitory activity against HCV genotype 1 replication compared to IFN-alpha 2b therapy, in a subgenomic replicon system. A. Escuret, A. Martin, D. Durantel, R. Parent O. Hantz, C. Trépo, T. Menguy, E. Bottius, J. Dardy, J. Maral, J.L. Escary, F. Zoulim. Antimicrobial Agents and Chemotherapy (AAC) 2006.
  - Association study of polymorphisms in Human estrogen receptor alpha gene and prostata cancer risk. Cancel-Tassin G., Latil A. Rousseau F., Mangin P., Bottius E., Escary JL., Berthon P., Cussenot O., Eur Urol. 2003 Oct;44(4):487-90.
  - A central role for Plasmodium falciparum subtelomeric regions in spatial positioning and telomere length regulation. Figueiredo LM., Freitas-Junior LH., Bottius E., Olivo-Martin JC., Scherf A., EMBO J. 2002 Feb 15;21(4):815-24.
  - A first high-density map of 981 bialletic markers on human chromosome 14. Escary JL., Bottius E., Prince N., Reyes C., Fiawoumo Y., Caloustian C., Bruls T., Fujiyama A., Cooper RS., Adeyemo AA., Lathrop GM., WEISSENBACH J., Gyapay G., Foglio M., Beckmann JS., Genomics. 2000 Dec 1;70(2):153-64.
  - Frequent ectopic recombination of virulence factor genes in telomeric chromosome clusters of P. falciparum. Freitas-Junior LH., Bottius E., Pirrit LA., Deitsch KW., Scheidig C., Guinet F., Nerhbass U., Wellems TE., Scherf A., Nature. 2000 Oct 26;407(6807):1018-22.
  - Antigenic variation in malaria: in situ switching, relaxed and mutually exclusive transcription of var genes during intra-erythrocytic development in Plasmodium falciparum. Scherf A., Hernandez-Rivas R., Buffet P., Bottius E., Benatar C. Pouvelle B., Gysin J., Lanzer M., EMBO J. 1998 Sep 15;17(18):5418-26.
  - Plasmodium Factiparum telomerase: de novo telomere addition to telomeric and montelomeric sequences and role in chromosome healing. Bottius E., Bakhsis N., Scherf A., Mol Cell Biol. 1998 Feb;18(2):919-25.
  - A novel Plasmodium falciparum sporozoite and liver stage antigen (SALSA)defines major B, T helper, and CTL epitopes. Bottius E., BenMohamed L., Brahimi K., Gras H., Lepers JP., Raharimalala L., Aikawa M., Meis J., Slierendregt B., Tartar A., Thomas A., Druilhe P., J. Immunol. 1996 April 15;156(8):2874.84.
  - Malaria: even more chronic in nature than previously thought; evidence for subpatent parasitaemia detectable by the polymerase chain reaction. Bottius E., Guanzirolli A., Trape JF., Rogier C., Konate L., Druilhe P., Trans R Soc Trop Med Hyg. 996 Jan-Feb;90(1):15-9.
  - Merozoite surface rotein-3: a malaria protein inducing antibodies that promote Plasmodium falciparum killing by cooperation with blood monocytes. Oeuvray C., Bouharoun-Tayoun H., Gras-Masse H. Bottius E., Kaidoh T., Akawa M., Filgueira MC, Tartar A., Druilhe P., Blood. 1994 Sep 1;84(5):1594-602.
  - Cloning and characterization of a novel Plasmodium falciparum sporozoite surface antigen, STARP. Fidock DA, Bottius E., Brahimi K., Moelans II, Aikawa M., Konnings RN, Certa U., Olafsson P., Kaidoh T., Asavanich A., et al. Mol Biochem Parasitol, 1994 Apr;64(2)219-32.
  SEMINAIRES :
  - Société française de Parasitologie : Réunion d'hiver 1996-1997. Thème : Mécanismes moléculaires impliqués dans la diversité antigénique chez P. falciparum.
  - Groupement des protistologues de langue française : mai 1997. Thème : Mise en évidence d'une activité télomérase chez P. falciparum.
  - New-York Medical Center : octobre 1997. Thème : Chromosome ends of P. falciparum: "Achilles Heel of the malaria Parasite ?".
  POSTERS :
  - Second Global Meet on parasitic Diseases, Hyderabad-INDIA: August 1997. Title : Antigenic Variation in P. falciparum: Ectopic recombination involving subtelomeric var gene Bottius E., Hernandez-Rivas R., Pouvelle B., Gysin J. Lanzer M., Wellems TE. and Scherf A.
  - XIII Annuel Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, Caxambu, Brazil: November 1997. Title : Antigenic Variation in P. falciparum: Ectopic recombination involving subtelomeric var gene. Bottius E., Hernandez-Rivas R., Pouvelle B., Gysin J. Lanzer M., Wellems TE. and Scherf 1.

• Institut Pasteur - Chercheur

  Paris 1988 - 1998 Laboratoire de Parasitologie Expérimentale URA CNRS 1960 dirigé par le Professeur Pereira Da Silva, Département des Relations Hotes-parasites sous la Direction du Dr Artur Scherf.
  Réalisations :
  Mise en évidence d'une activité enzymatique comme cible de destruction du parasite Plasmodium falciparum.
  Analyse biologique des Relations Hotes-parasites.
  
  Laboratoire de Parasitologie Biomédicale dirigé par le Dr Pierre Druilhe.
  Réalisation : Recherche vaccinale, biologie des stades pré-érythrocytaires de Plasmodium falciparum.
  
  Management : 2 techniciennes supérieures.

• INSTITUT PASTEUR & GENODYSSEE - TRAVAUX SCIENTIFIQUES

  1987 - 2004 - Analyse Génomique et post-Génomique : Découverte de nouvelles cibles thérapeutiques et la caractérisation des polymorphismes dans les gènes de susceptibilité aux maladies complexes, les gènes des cytokines et de leurs récepteurs.
  
  - Programme de Variabilité du Génome : Utilisation de la D-HPLC réduisant le séquençage systématique et application de la méthode du multiplexage des échantillons dans la dcouverte de polymorphismes type SNP au cours de l'analyse de gènes candidats.
  
  - Stade sanguin de Plasmodium falciparum, 2 projets de recherche :
  . Détection et caractérisation d'une activité télomérase chez Plasmodium falciparum et étude de son importance dans la survie du parasite.
  . Biologie des Relations Hotes-parasites : Analyse des mécanismes responsables de la variabilité des gènes codant pour des antigènes de surface du globule rouge humain infecté par Plasmodium falciparum.
  
  - Stades pré-érythrocytaires de Plasmodium falciparum : Projet de recherche Post-/Doctoral : Caractérisation moléculaire et biologique d'antigènes spécifiques des stades pré-érythrocytaires de Plasmodium falciparum et de la conception, pour la première fois, de sous-unités potentiellement vaccinales contre le paludisme à Plasmodium falciparum. Ceci a permis l'immunisation de modèles animaux (souris, Aotus, Chimpanzé) afin d'analyser les réponses immunitaires (humorales, prolifératives, cytoxiques, sécrétion d'interféron gamma) induites dans ces modèles.
  
  - Enseignement 1993, 1994, 1995 : Enseignement Théorique et Pratique aux cours de Micro-biologie de l'Institut Pasteur.
  
  - Encadrement de stagiaires médecins, sur les sujets suivants :
  . Caractérisation des populations parasitaires par amplification génique à partir d'isolats de zones endémiques.
  - Détection du paludisme chronique par PCR en zone endmique.

Formations

• Université Paris 6 Pierre Et Marie Curie UPMC

  Paris 1980 - 1987 Licence et maîtrise de biologie moléculaire et formations compl.

• Université Paris 6 Pierre Et Marie Curie UPMC

  Paris 1980 - 1996 BIOLOGIE MOLECULAIRE
  
  Mention très honorable et félicitations du Jury
  
  Doctorat de biologie moléculaire des eucaryotes

Réseau

• Andreea ASEVOAIA

• Bernard JOB*

• Corinne GINFRAY

• Elvire BOTTIUS

• Fabrice BONARDI

• Jean-Christophe DICHANT

• Nathalie MANDJEE

• Olivier LUISETTI

• Sam GONZALES